Ejercicios de Alineament de seqüencies, BLAST i filogenia molecular

10 ejercicios de Alineament de seqüencies, BLAST i filogenia molecular que han salido en los exámenes de Biología II de la UB (Grado en Biología).

Ejercicio 1 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test sobre l'elecció de matrius de substitució (BLOSUM/PAM) per a proteïnes molt divergents, la implicació de l'enfocament heurístic a BLAST, i la confirmació fidedigna d'ortologia entre gens mitjançant filogènia molecular.

Ejercicio 2 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes d'opció múltiple sobre la mida de paraula (word size) a BLAST, opcions d'edició de columnes a MAFFT i resolució d'artefactes visuals en filogènia (reroot, branch swapping) (apartats a, c, f, g).

Ejercicio 3 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes d'opció múltiple sobre interpretació de hits a BLAST i cobertura de l'alineament (apartat b), operacions no permeses sobre dades filogenètiques al visualitzador Archaeopteryx (apartat e) i comprovació filogenètica d'ortologia entre seqüències (apartat f).

Ejercicio 4 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test b, g, i, j de l'exercici 4: càlcul de la puntuació global d'un alineament amb costos afins de gap, selecció de penalitzacions de gap per tolerar poques insercions, identificació de l'afirmació falsa sobre mètodes d'alineament i de l'afirmació falsa sobre programes d'alineament múltiple.

Ejercicio 5 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test sobre el concepte de similaritat en alineaments i el propòsit funcional de BLAST.

Ejercicio 6 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test b, h, i, j de l'exercici 6 sobre puntuació d'alineaments amb penalització per buits afins i propietats dels alineaments locals i globals.

Ejercicio 7 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test sobre símbols de consens al format ClustalW (*, :, .) (apartat d) i aplicació de l'anàlisi del gen 16S rRNA en taxonomia i identificació bacteriana (apartat g).

Ejercicio 8 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes d'opció múltiple sobre paràmetres de computació a BLAST (mida de paraula), metodologia per confirmar ortologia mitjançant filogènia i validesa biològica dels alineaments òptims.

Ejercicio 9 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test b, c, d, e, h de l'exercici 9 sobre mètriques de BLAST (E-value, cobertura), propietats de l'alineament global i local, i definició biològica d'homologia.

Ejercicio 10 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia… · Examen de Bioinformàtica

Apartats b, f, h, i, l sobre alineament de seqüències, matriu de penalització afí de buits, funcionalitat de blastx, multiplicitat d'alineaments òptims i càlcul de puntuació acumulada d'un alineament per parelles.

Otros temas de Biología II