Ejercicio 2 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Biología II UB Examen de Bioinformàtica

a. Indiqueu quina de les següents modificacions de paràmetres incrementa el temps de computació fent que el BLAST operi de forma més lenta:

Solución: 3. Fixar una mida de paraula ('word size') més petita, la qual cosa multiplica el nombre de llavors inicials per inspeccionar.

c. Dins del servidor MAFFT, quan es pretén efectuar una reconstrucció filogenètica a partir d'un alineament, l'usuari pot:

Solución: 2. Triar i seleccionar determinades columnes de l'alineament.

f. Si en una filogènia s'observa que un gen d'escarabat i un de mosquit s'agrupen de manera aberrant en una branca que queda fora dels insectes i amb gens de peixos, com es pot analitzar o solucionar el problema de visualització?

Solución: 2. Fent servir canvis d'arrel de l'arbre ('reroot') o intercanvis de branques ('branch swap') al visualitzador filogenètic.

g. En emprar el servidor en línia de MAFFT per avaluar relacions filogenètiques, quina opció d'edició és viable sobre l'alineament?

Solución: 2. Seleccionar determinades columnes d'interès de l'alineament múltiple.