Ejercicio 9 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia m… · Biología II UB Examen de Bioinformàtica

b. Quina conclusió biològica es pot deduir a partir dels paràmetres mostrats?

Solución: 1. Totes dues seqüències presenten un E-value significatiu, però la segona té una probabilitat molt alta de no ser homòloga degut al seu baix percentatge d'identitat i cobertura.

c. Donades dues seqüències S1 i S2 i un conjunt fix de penalitzacions per buits i coincidències, quina relació és certa entre la puntuació de l'alineament global i la del local?

Solución: 2. La puntuació de l'alineament òptim local és sempre més gran o igual que la de l'alineament òptim global.

d. Com es defineix formalment el valor d'E-value (Expectation value) proporcionat pel BLAST?

Solución: 2. El nombre esperat d'alineaments amb una puntuació igual o superior que es trobarien per pur atzar en interrogar una base de dades d'aquella mida.

e. Quin tipus d'alineament s'ha aplicat a les cadenes mostrades?

Solución: 4. Es tracta d'un alineament global, ja que s'estenen les dues cadenes d'extrem a extrem incloent buits terminals o interns per acoblar-les completament.

h. Si el citocrom c d'una granota i el d'un gripau mostren un alt grau de similitud derivat d'un ancestre comú, s'estableix que aquestes seqüències són:

Solución: 4. Homòlogues.