Ejercicio 10 - Alineament de seqüències, BLAST i filogènia… · Biología II UB Examen de Bioinformàtica

b. Dins la funció de penalització de buits afí $W = A + B \cdot (N - 1)$, el paràmetre $A$ penalitza:

Solución: 2. L'obertura inicial del gap, de manera independent a la seva mida final.

f. Quina és la definició correcta de la funcionalitat del programa 'blastx' pertanyent a la suite de BLAST?

Solución: 2. Tradueix conceptualment la seqüència problema de nucleòtids als seus sis marcs de lectura potencials i cerca similituds contra una base de dades de proteïnes.

h. És possible trobar més d'un alineament òptim entre dues seqüències utilitzant els mateixos paràmetres de càlcul?

Solución: 3. Sí, diferents alineaments alternatius poden assolir exactament la mateixa puntuació numèrica màxima.

i. Donades dues seqüències de DNA de longituds 15 i 20 nucleòtids respectivament:

Solución: 2. Totes les altres respostes són falses (es poden alinear globalment introduint buits).

l. Donat l'alineament per parelles següent: GACGTA-CG / GCC-CACG. Calculeu la puntuació total de l'alineament:

Solución: 1. 3