Ejercicios de Patrons, prediccio de gens i analisi de microarrays

7 ejercicios de Patrons, prediccio de gens i analisi de microarrays que han salido en los exámenes de Biología II de la UB (Grado en Biología). Con solución.

Ejercicio 4 - Patrons, predicció de gens i anàlisi de micro… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test sobre predicció de gens ab initio en procariotes, anàlisi exploratòria per PCA en microarrays, rèpliques biològiques en microarrays, sortida del programa MEME, contingut de TRANSFAC i identificació de senyals reguladors curts.

Ejercicio 5 - Patrons, predicció de gens i anàlisi de micro… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test sobre expressió diferencial, falsos positius en factors de transcripció, Sequence Logos, marcs de lectura en DNA i patrons PROSITE.

Ejercicio 6 - Patrons, predicció de gens i anàlisi de micro… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test a, c, d, e, f, g de l'exercici 6 sobre estructura gènica eucariota vs procariota, normalització de microarrays, ORFs procariotes, bases de dades i anàlisi transcriptòmica mitjançant PCA i Babelomics.

Ejercicio 7 - Patrons, predicció de gens i anàlisi de micro… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test sobre sintaxi PROSITE (apartats a, b, c), codons d'inici procariotes (apartat h), disseny de cebadors de PCR (apartat i) i la regió Shine-Dalgarno (apartat j).

Ejercicio 8 - Patrons, predicció de gens i anàlisi de micro… · Examen de Bioinformàtica

En relació amb la predicció de gens en bacteris, assenyalar quina opció és FALSA entre diverses afirmacions sobre operons, ORFs funcionals, promotors i regions Shine-Dalgarno.

Ejercicio 9 - Patrons, predicció de gens i anàlisi de micro… · Examen de Bioinformàtica

Preguntes tipus test sobre conceptes d'RNA-seq (profunditat de seqüenciació, quantificació del transcriptoma) i prestacions de les tecnologies NGS (apartats a, f, j de l'exercici 9).

Ejercicio 10 - Patrons, predicció de gens i anàlisi de micr… · Examen de Bioinformàtica

Apartats a, d, k sobre anàlisi d'RNA-Seq: necessitat o no de referència prèvia (acoblament de novo vs amb referència) i utilitat de la mètrica de normalització RPKM.

Otros temas de Biología II