Ejercicio 4 - Patrons, predicció de gens i anàlisi de micro… · Biología II UB Examen de Bioinformàtica

a. Quina particularitat presenten els algorismes dedicats a la predicció ab initio de gens en organismes procariotes?

Solución: 3. Requereixen paràmetres de calibratge específics per a la composició nucleotídica i ús de codons de l'organisme d'interès.

c. Amb quin objectiu s'aplica una tècnica no supervisada com la PCA a l'anàlisi exploratòria inicial d'un experiment de microarrays?

Solución: 2. Per avaluar la distribució espacial de les mostres, analitzar la seva homogeneïtat interna i descartar comportaments anòmals ('outliers').

d. En un estudi de microarrays dissenyat per trobar gens amb expressió diferencial, què és imprescindible incorporar?

Solución: 3. Rèpliques biològiques que avaluïn diferents individus per condició a fi de generalitzar les conclusions.

e. Quina sortida principal proporciona el programa MEME quan s'interroga amb un conjunt de seqüències de DNA?

Solución: 1. Un conjunt de motius conservats que apareixen sobrerepresentats al conjunt de seqüències.

f. La base de dades TRANSFAC conté informació relativa a:

Solución: 1. Factors de transcripció, els seus llocs d'unió a DNA i models de matrius de pesos (PWM).

h. Pel que fa a la identificació de senyals reguladors curts en seqüències genòmiques sense anotar prèviament:

Solución: 2. És viable, però acostuma a generar una taxa molt elevada de falsos positius a causa de la brevetat dels motius.