Pràctica: Cerca d'informació sobre el SARS-CoV-2 a les bases de dades de l'NCBI

Context

L'objectiu d'aquesta sessió pràctica és recopilar informació biològica sobre el coronavirus 2019-nCoV utilitzant els repositoris i bases de dades de l' NCBI (National Center for Biotechnology Information). En cada activitat cal seleccionar l'eina adequada (per exemple, Taxonomy Browser per a dades taxonòmiques, PubMed per a literatura científica, Nucleotide/GenBank per a seqüències genètiques o Structure/PDB per a dades tridimensionals) i citar la font o enllaç corresponent.

Exemple de referència: Si se sol·licita identificar noms i acrònims associats al virus, es pot consultar la base Taxonomy Browser (registre Taxonomy ID: 2697049, enllaç:), obtenint com a sinònims: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID-19, COVID-19 virus, Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus i Human coronavirus 2019.

Pregunta 1. Llinatge taxonòmic del virus

Consulteu la base de dades taxonòmica de l'NCBI per al patogen 2019-nCoV i detalleu la seva classificació filogenètica completa, començant des del rang taxonòmic fonamental viruses.

Context

L'objectiu d'aquesta sessió pràctica és recopilar informació biològica sobre el coronavirus 2019-nCoV utilitzant els repositoris i bases de dades de l' NCBI (National Center for Biotechnology Information). En cada activitat cal seleccionar l'eina adequada (per exemple, Taxonomy Browser per a dades taxonòmiques, PubMed per a literatura científica, Nucleotide/GenBank per a seqüències genètiques o Structure/PDB per a dades tridimensionals) i citar la font o enllaç corresponent.

Exemple de referència: Si se sol·licita identificar noms i acrònims associats al virus, es pot consultar la base Taxonomy Browser (registre Taxonomy ID: 2697049, enllaç:), obtenint com a sinònims: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID-19, COVID-19 virus, Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus i Human coronavirus 2019.

Pregunta 2. Article de revisió a PubMed

Localitzeu i descarregueu a través de la plataforma PubMed un article que contingui una revisió sistemàtica sobre el 2019-nCoV publicat a la revista Journal of Clinical Medicine. Indiqueu la URL o referència del document obtingut.

Context

L'objectiu d'aquesta sessió pràctica és recopilar informació biològica sobre el coronavirus 2019-nCoV utilitzant els repositoris i bases de dades de l' NCBI (National Center for Biotechnology Information). En cada activitat cal seleccionar l'eina adequada (per exemple, Taxonomy Browser per a dades taxonòmiques, PubMed per a literatura científica, Nucleotide/GenBank per a seqüències genètiques o Structure/PDB per a dades tridimensionals) i citar la font o enllaç corresponent.

Exemple de referència: Si se sol·licita identificar noms i acrònims associats al virus, es pot consultar la base Taxonomy Browser (registre Taxonomy ID: 2697049, enllaç:), obtenint com a sinònims: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID-19, COVID-19 virus, Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus i Human coronavirus 2019.

Pregunta 3. Unió estructural SARS-CoV-2 i ACE2

Feu servir l'eina de cerca PubMed per identificar articles científics centrats en la interacció i unió molecular ( binding) entre la proteïna del SARS-CoV-2 i el receptor enzimàtic ACE2 a escala estructural. Recordeu l'ús d'operadors booleans (AND, OR, NOT) i l'opció «Send to» per desar els resultats. Indiqueu referències representatives trobades.

Context

L'objectiu d'aquesta sessió pràctica és recopilar informació biològica sobre el coronavirus 2019-nCoV utilitzant els repositoris i bases de dades de l' NCBI (National Center for Biotechnology Information). En cada activitat cal seleccionar l'eina adequada (per exemple, Taxonomy Browser per a dades taxonòmiques, PubMed per a literatura científica, Nucleotide/GenBank per a seqüències genètiques o Structure/PDB per a dades tridimensionals) i citar la font o enllaç corresponent.

Exemple de referència: Si se sol·licita identificar noms i acrònims associats al virus, es pot consultar la base Taxonomy Browser (registre Taxonomy ID: 2697049, enllaç:), obtenint com a sinònims: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID-19, COVID-19 virus, Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus i Human coronavirus 2019.

Pregunta 4. Seqüències publicades del virus

A la base de dades de nucleòtids de l'NCBI:

a.

b.

Context

L'objectiu d'aquesta sessió pràctica és recopilar informació biològica sobre el coronavirus 2019-nCoV utilitzant els repositoris i bases de dades de l' NCBI (National Center for Biotechnology Information). En cada activitat cal seleccionar l'eina adequada (per exemple, Taxonomy Browser per a dades taxonòmiques, PubMed per a literatura científica, Nucleotide/GenBank per a seqüències genètiques o Structure/PDB per a dades tridimensionals) i citar la font o enllaç corresponent.

Exemple de referència: Si se sol·licita identificar noms i acrònims associats al virus, es pot consultar la base Taxonomy Browser (registre Taxonomy ID: 2697049, enllaç:), obtenint com a sinònims: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID-19, COVID-19 virus, Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus i Human coronavirus 2019.

Pregunta 5. Característiques i mida del genoma

Determineu la naturalesa del material genètic del 2019-nCoV, quina és la longitud total reportada per al seu genoma a la consulta i descarregueu la seqüència completa en format FASTA.

a)

b)

c)

Context

L'objectiu d'aquesta sessió pràctica és recopilar informació biològica sobre el coronavirus 2019-nCoV utilitzant els repositoris i bases de dades de l' NCBI (National Center for Biotechnology Information). En cada activitat cal seleccionar l'eina adequada (per exemple, Taxonomy Browser per a dades taxonòmiques, PubMed per a literatura científica, Nucleotide/GenBank per a seqüències genètiques o Structure/PDB per a dades tridimensionals) i citar la font o enllaç corresponent.

Exemple de referència: Si se sol·licita identificar noms i acrònims associats al virus, es pot consultar la base Taxonomy Browser (registre Taxonomy ID: 2697049, enllaç:), obtenint com a sinònims: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID-19, COVID-19 virus, Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus i Human coronavirus 2019.

Pregunta 6. Esquema de l'organització genòmica

Dibuixeu o analitzeu l'organització esquemàtica dels marcs oberts de lectura (ORF), gens estructurals i accessoris, així com les regions UTR que componen el genoma del 2019-nCoV disposats aproximadament a escala d'extrem 5' a 3':

Context

L'objectiu d'aquesta sessió pràctica és recopilar informació biològica sobre el coronavirus 2019-nCoV utilitzant els repositoris i bases de dades de l' NCBI (National Center for Biotechnology Information). En cada activitat cal seleccionar l'eina adequada (per exemple, Taxonomy Browser per a dades taxonòmiques, PubMed per a literatura científica, Nucleotide/GenBank per a seqüències genètiques o Structure/PDB per a dades tridimensionals) i citar la font o enllaç corresponent.

Exemple de referència: Si se sol·licita identificar noms i acrònims associats al virus, es pot consultar la base Taxonomy Browser (registre Taxonomy ID: 2697049, enllaç:), obtenint com a sinònims: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID-19, COVID-19 virus, Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus i Human coronavirus 2019.

Pregunta 7. Proteïnes traduïdes i domini RBD

A partir del codi genètic del virus 2019-nCoV:

a.

b.

Context

L'objectiu d'aquesta sessió pràctica és recopilar informació biològica sobre el coronavirus 2019-nCoV utilitzant els repositoris i bases de dades de l' NCBI (National Center for Biotechnology Information). En cada activitat cal seleccionar l'eina adequada (per exemple, Taxonomy Browser per a dades taxonòmiques, PubMed per a literatura científica, Nucleotide/GenBank per a seqüències genètiques o Structure/PDB per a dades tridimensionals) i citar la font o enllaç corresponent.

Exemple de referència: Si se sol·licita identificar noms i acrònims associats al virus, es pot consultar la base Taxonomy Browser (registre Taxonomy ID: 2697049, enllaç:), obtenint com a sinònims: Severe acute respiratory syndrome coronavirus 2, SARS-CoV-2, COVID-19, COVID-19 virus, Wuhan coronavirus, Wuhan seafood market pneumonia virus i Human coronavirus 2019.

Pregunta 8. Estructures tridimensionals a PDB

Esbrineu si hi ha dipositades estructures tridimensionals de proteïnes del 2019-nCoV a la base de dades estructural (PDB/Structure de l'NCBI). En cas afirmatiu, indiqueu com a mínim tres codis d'accés PDB representatius.