Problema 68 · Bioquímica Estructural i Biologia Molecular UAB 2004

Explica detalladamente las bases moleculares de ambos mecanismos e identifica las diferencias clave entre ellos.

Solución: a. Terminación intrínseca (o independiente de Rho): Se fundamenta exclusivamente en la secuencia del RNA recién sintetizado. Al transcribirse una región palindrómica rica en guaninas y citosinas, el transcripto se autopliega formando una estructura secundaria en horquilla de tallo-bucle, que frena el avance de la RNA polimerasa. Inmediatamente a continuación se transcribe una cola de poliuracilo (6-8 residuos de U) que aparea con las adeninas de la cadena molde de DNA. Debido a la débil estabilidad térmica de los pares híbridos rU-dA (solo dos puentes de hidrógeno y conformación laxa), el complejo ternario se desestabiliza y el RNA se desprende, liberando a la enzima del molde. b. Terminación dependiente de Rho ($\rho$): Requiere la intervención de un factor proteico accesorio, la proteína Rho, una helicasa hexamérica con actividad ATPasa dependiente de RNA. Rho se ancla a una región rica en citosinas y desprovista de estructuras secundarias en el transcripto naciente (sitio *rut*). A expensas de hidrólisis de ATP, el hexámero se desplaza a lo largo del mRNA en sentido $5' \rightarrow 3'$ persiguiendo a la RNA polimerasa en pausa. Al alcanzar el complejo de elongación, Rho desenrolla el híbrido RNA-DNA desacoplando la cadena de RNA naciente y disociando la polimerasa.